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加快打造原始創(chuàng)新策源地,加快突破關(guān)鍵核心技術(shù),努力搶占科技制高點,為把我國建設(shè)成為世界科技強國作出新的更大的貢獻。

——習近平總書記在致中國科學院建院70周年賀信中作出的“兩加快一努力”重要指示要求

面向世界科技前沿、面向經(jīng)濟主戰(zhàn)場、面向國家重大需求、面向人民生命健康,率先實現(xiàn)科學技術(shù)跨越發(fā)展,率先建成國家創(chuàng)新人才高地,率先建成國家高水平科技智庫,率先建設(shè)國際一流科研機構(gòu)。

——中國科學院辦院方針

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【中國科學報】研究闡明3種經(jīng)典模式動物“腸道密碼”

2025-06-30 中國科學報 刁雯蕙
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語音播報

中國科學院深圳先進技術(shù)研究院研究員馬迎飛團隊首次系統(tǒng)揭示了小鼠、豬、食蟹猴3種模式動物腸道噬菌體的組成特征與分布規(guī)律。相關(guān)研究成果近日發(fā)表于《微生物組》。

團隊利用生物信息學方法,對約1500個小鼠、豬和食蟹猴腸道宏基因組進行高效標準化分析,成功構(gòu)建了3種模式動物的高質(zhì)量數(shù)據(jù)庫,其中包括977條小鼠、12896條豬以及1480條食蟹猴的種水平、完整度超過90%的高質(zhì)量病毒序列。比對發(fā)現(xiàn),大部分病毒序列屬于有尾噬菌體,顯著擴展了模式動物腸道噬菌體多樣性?;诨蚪M編碼蛋白相似性,團隊在上述病毒序列中鑒定出71個分布率超過60%的高分布病毒群。其中,分布率最高的5個病毒群與國際病毒分類委員會已知分類病毒關(guān)聯(lián)性較弱,但與其他物種的高分布病毒群存在關(guān)聯(lián),提示模式動物腸道噬菌體可能存在跨物種傳播。

團隊在3組數(shù)據(jù)庫中共鑒定出315個crAss樣噬菌體,其中182個與腸肚噬菌體科親緣關(guān)系較近,部分形成獨立于已知屬的新分支。此外,研究團隊還在腸道數(shù)據(jù)庫中鑒定出245條基因組長度超過200kb的巨型噬菌體,部分攜帶CRISPR-Cas系統(tǒng)。值得注意的是,這些噬菌體編碼的Cas14蛋白結(jié)構(gòu)完整,最小的僅含153個氨基酸,具備開發(fā)新型基因編輯工具的潛力。

為了探究模式動物與人類腸道微生物的關(guān)聯(lián)性,團隊通過核酸和蛋白水平比對發(fā)現(xiàn),食蟹猴的腸道微生物組與人類的相似性高于小鼠和豬。而在CRISPR spacer匹配分析中,食蟹猴數(shù)據(jù)庫的匹配成功率超過50%,進一步證實了食蟹猴是研究人類腸道微生物更理想的動物模型。

該研究拓展了模式動物腸道噬菌體多樣性,不僅為腸道微生物生態(tài)研究提供了寶貴的參考資源,也為后續(xù)開發(fā)新型噬菌體療法和基因編輯工具奠定了基礎(chǔ)。未來,該研究的范圍或可拓展至腸道RNA病毒領(lǐng)域,探索噬菌體的功能機制及與宿主的相互作用,有望在腸道病毒組的醫(yī)學應(yīng)用領(lǐng)域取得更多突破性進展。

相關(guān)論文信息:https://doi.org/10.1186/s40168-025-02144-4

(原載于《中國科學報》?2025-06-30?第3版?綜合)

打印 責任編輯:閆文藝

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