——習(xí)近平總書記在致中國(guó)科學(xué)院建院70周年賀信中作出的“兩加快一努力”重要指示要求
——中國(guó)科學(xué)院辦院方針
語(yǔ)音播報(bào)
中國(guó)科學(xué)院上海藥物研究所柳紅團(tuán)隊(duì)與上??萍即髮W(xué)、清華大學(xué)、中國(guó)科學(xué)院武漢病毒研究所、重慶醫(yī)科大學(xué)等的科研人員合作,在國(guó)際上首次闡明了猴痘病毒核心蛋白酶(CorePro)三維結(jié)構(gòu),揭示了核心蛋白酶底物識(shí)別與催化的分子機(jī)制,通過(guò)基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)策略發(fā)現(xiàn)了具有高效酶抑制活性和廣譜抗正痘病毒活性(猴痘病毒和痘苗病毒)的先導(dǎo)化合物,并闡明了其微觀作用機(jī)制。這一研究證實(shí)了正痘病毒的核心蛋白酶是全新的廣譜抗病毒藥物靶標(biāo),為靶向核心蛋白酶開(kāi)發(fā)廣譜高效抗正痘病毒藥物提供了重要的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)和良好的先導(dǎo)化合物。
猴痘病毒屬于正痘病毒屬,該屬還包含天花病毒、痘苗病毒和牛痘病毒3種已知的人畜共患病毒。歷史上,人類與天花病毒斗爭(zhēng)近千年,曾有數(shù)億人因天花病毒感染死亡。當(dāng)前,尚無(wú)具有明確療效的抗猴痘病毒藥物。因此,發(fā)現(xiàn)和確證抗猴痘病毒新靶標(biāo),開(kāi)發(fā)結(jié)構(gòu)新穎、低毒高效且具有自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的抗猴痘病毒藥物具有重要意義。
正痘病毒是包膜的雙鏈DNA病毒,復(fù)制過(guò)程中會(huì)編碼高度保守的核心蛋白酶,核心蛋白酶通過(guò)水解核心蛋白前體驅(qū)動(dòng)感染性成熟顆粒形成,在正痘病毒生命周期中發(fā)揮作用。因此,闡明正痘病毒三維結(jié)構(gòu)和底物識(shí)別機(jī)制,并基于此開(kāi)展先導(dǎo)化合物的發(fā)現(xiàn)研究具有重要意義。
該研究解析了猴痘病毒核心蛋白酶的高分辨率三維結(jié)構(gòu)。核心蛋白酶為二聚體,每個(gè)單體可分為N端結(jié)構(gòu)域NTD、催化結(jié)構(gòu)域CD和C端結(jié)構(gòu)域CTD?;钚灾行奈挥诖呋Y(jié)構(gòu)域,包含一個(gè)特征的催化三聯(lián)體Cys328-His241-Asp258。研究通過(guò)高通量篩選策略發(fā)現(xiàn),泛半胱氨酸蛋白酶抑制劑E64d具有潛在的核心蛋白酶抑制效果和抗猴痘病毒活性,但活性較弱。猴痘病毒核心蛋白酶與E64d的復(fù)合物結(jié)構(gòu)解析發(fā)現(xiàn),其與活性中心附近一個(gè)非催化Cys237殘基發(fā)生共價(jià)結(jié)合,未能完全占據(jù)底物結(jié)合口袋。
為開(kāi)發(fā)更強(qiáng)效的猴痘病毒核心蛋白酶抑制劑,該研究開(kāi)展了猴痘病毒核心蛋白酶底物識(shí)別和催化機(jī)制的工作?;诤诵牡鞍酌柑烊坏孜颬25K序列,研究利用醛基替換切割斷裂的酰胺鍵設(shè)計(jì)了底物類似物I-G18,以期與催化中心Cys328共價(jià)結(jié)合,模擬催化中間體的結(jié)構(gòu)特征。研究通過(guò)冷凍電鏡技術(shù),解析了CorePro-I-G18復(fù)合物結(jié)構(gòu)。與apo結(jié)構(gòu)相比,在底物的誘導(dǎo)下,核心蛋白酶活性中心發(fā)生一系列構(gòu)象變化,暴露出催化活性中心,完成底物水解。S1和S2口袋形成特征性的狹長(zhǎng)空腔,僅可容納Gly和Ala等側(cè)鏈尺寸較小的氨基酸殘基,解釋了正痘病毒核心蛋白酶Ala-Gly序列識(shí)別專一性。
以核心蛋白酶的底物識(shí)別機(jī)制為基礎(chǔ),該研究利用基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)策略設(shè)計(jì)合成了擬肽類抑制劑A1-A6,引入P1-P5片段分別占據(jù)核心蛋白酶S1-S5底物結(jié)合口袋,同時(shí)在P1位置連接親電彈頭warhead與催化中心Cys328殘基共價(jià)結(jié)合。活性測(cè)試發(fā)現(xiàn),A2-A6具有高效的猴痘病毒核心蛋白酶抑制活性,其中化合物A3活性最優(yōu),IC50達(dá)到44.9 nM,較底物衍生的九肽醛I-G18提高7倍。進(jìn)一步,為闡明酶抑制活性的差異,研究解析了A1、A3和A4與核心蛋白酶的復(fù)合物結(jié)構(gòu)。結(jié)果顯示,3個(gè)化合物均可與催化中心的Cys328殘基共價(jià)結(jié)合,并能夠較好地占據(jù)底物結(jié)合口袋,其中A3的P4片段F原子能夠與Asp194殘基形成額外氫鍵相互作用,揭示了A3酶抑制活性更優(yōu)的原因??共《净钚詼y(cè)試發(fā)現(xiàn),化合物A3-A6具備較強(qiáng)的抗猴痘病毒活性和抗痘苗病毒活性,具有廣譜性;同時(shí)表現(xiàn)出良好的安全性,CC50均大于200 μM。相較于九肽醛I-G18,擬肽類化合物的抗病毒活性提升。研究表明,A3-A6是良好的先導(dǎo)化合物,有望通過(guò)進(jìn)一步成藥性結(jié)構(gòu)優(yōu)化開(kāi)發(fā)出廣譜抗正痘病毒藥物。
4月22日,相關(guān)研究成果以加速預(yù)覽形式發(fā)表在《自然》(Nature)上。研究工作得到教育部學(xué)科突破先導(dǎo)項(xiàng)目、國(guó)家自然科學(xué)基金、中國(guó)科學(xué)院戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項(xiàng)及上海市相關(guān)項(xiàng)目等的支持。
核心蛋白酶抑制劑的設(shè)計(jì)發(fā)現(xiàn)與作用模式研究
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