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加快打造原始創(chuàng)新策源地，加快突破關鍵核心技術，努力搶占科技制高點，為把我國建設成為世界科技強國作出新的更大的貢獻。

——習近平總書記在致中國科學院建院70周年賀信中作出的“兩加快一努力”重要指示要求

面向世界科技前沿、面向經(jīng)濟主戰(zhàn)場、面向國家重大需求、面向人民生命健康，率先實現(xiàn)科學技術跨越發(fā)展，率先建成國家創(chuàng)新人才高地，率先建成國家高水平科技智庫，率先建設國際一流科研機構。

——中國科學院辦院方針

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科學家發(fā)布合成生物學元件與數(shù)據(jù)庫

2024-10-15 上海營養(yǎng)與健康研究所

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語音播報

10月3日，中國科學院上海營養(yǎng)與健康研究所研究員張國慶與分子植物科學卓越創(chuàng)新中心周志華研究組合作，在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上在線發(fā)表了題為RDBSB: a database for catalytic bioparts with experimental evidence的研究論文。該研究構建了面向合成生物學設計的催化元件數(shù)據(jù)庫RDBSB，構建了催化元件在線查詢平臺（https://www.biosino.org/rdbsb），并研發(fā)了PathFinder工具。這一工具可以根據(jù)底物和目標產(chǎn)物設計相應的合成途徑，并能夠完整復現(xiàn)如晚期肝細胞癌的治療藥物淫羊藿素和棉鈴蟲性信息素的人工合成途徑設計過程。

催化元件是設計、構建和優(yōu)化特定代謝途徑乃至生命系統(tǒng)的基礎?？煽康?、經(jīng)過實驗驗證的催化元件數(shù)據(jù)庫對于設計和優(yōu)化生命系統(tǒng)至關重要。而現(xiàn)有的生物元件庫缺乏底盤、催化反應最佳pH和溫度等對合成過程較為重要的信息。該研究在各種數(shù)據(jù)庫整合了390,708個催化元件，通過審編后得到83,193個有實驗驗證的催化元件，如大量的轉移酶、水解酶和氧化還原酶。其中，3200個催化元件包括最適催化反應溫度、最適pH值等關鍵信息。這些催化元件大部分來源于細菌、后生動物和植物。

基于此，該團隊設計并構建了合成生物學元件和數(shù)據(jù)庫RDBSB，在線提供了系統(tǒng)審編的定性和定量催化信息，如元件的活性、底物、催化反應最佳pH值和溫度以及底盤特異性等關鍵參數(shù)。該數(shù)據(jù)庫提供了包括MapView、AlphaFold、PVQD和PathFinder等在內(nèi)的在線元件和途徑設計工具。通過RDBSB，用戶可以在線搜索并查閱催化元件詳細的定性和定量信息及其對應的參考文獻，并可以提交新的催化元件，實現(xiàn)數(shù)據(jù)的快速共享與利用。截至目前，RDBSB已為一千多個催化元件共享提供了支撐。該數(shù)據(jù)庫將豐富合成生物學途徑設計的可用資源，為科研人員提供必要工具。

研究工作得到國家重點研發(fā)計劃和中國科學院戰(zhàn)略生物資源服務網(wǎng)絡計劃等的支持。

論文鏈接

RDBSB數(shù)據(jù)概況

RDBSB在線分析和設計功能

10月3日，中國科學院上海營養(yǎng)與健康研究所研究員張國慶與分子植物科學卓越創(chuàng)新中心周志華研究組合作，在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上在線發(fā)表了題為RDBSB: a database for catalytic bioparts with experimental evidence的研究論文。該研究構建了面向合成生物學設計的催化元件數(shù)據(jù)庫RDBSB，構建了催化元件在線查詢平臺（https://www.biosino.org/rdbsb），并研發(fā)了PathFinder工具。這一工具可以根據(jù)底物和目標產(chǎn)物設計相應的合成途徑，并能夠完整復現(xiàn)如晚期肝細胞癌的治療藥物淫羊藿素和棉鈴蟲性信息素的人工合成途徑設計過程。催化元件是設計、構建和優(yōu)化特定代謝途徑乃至生命系統(tǒng)的基礎?？煽康?、經(jīng)過實驗驗證的催化元件數(shù)據(jù)庫對于設計和優(yōu)化生命系統(tǒng)至關重要。而現(xiàn)有的生物元件庫缺乏底盤、催化反應最佳pH和溫度等對合成過程較為重要的信息。該研究在各種數(shù)據(jù)庫整合了390,708個催化元件，通過審編后得到83,193個有實驗驗證的催化元件，如大量的轉移酶、水解酶和氧化還原酶。其中，3200個催化元件包括最適催化反應溫度、最適pH值等關鍵信息。這些催化元件大部分來源于細菌、后生動物和植物?；诖耍搱F隊設計并構建了合成生物學元件和數(shù)據(jù)庫RDBSB，在線提供了系統(tǒng)審編的定性和定量催化信息，如元件的活性、底物、催化反應最佳pH值和溫度以及底盤特異性等關鍵參數(shù)。該數(shù)據(jù)庫提供了包括MapView、AlphaFold、PVQD和PathFinder等在內(nèi)的在線元件和途徑設計工具。通過RDBSB，用戶可以在線搜索并查閱催化元件詳細的定性和定量信息及其對應的參考文獻，并可以提交新的催化元件，實現(xiàn)數(shù)據(jù)的快速共享與利用。截至目前，RDBSB已為一千多個催化元件共享提供了支撐。該數(shù)據(jù)庫將豐富合成生物學途徑設計的可用資源，為科研人員提供必要工具。研究工作得到國家重點研發(fā)計劃和中國科學院戰(zhàn)略生物資源服務網(wǎng)絡計劃等的支持。論文鏈接RDBSB數(shù)據(jù)概況RDBSB在線分析和設計功能

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